El protagonista del juego será el agente Tom Paxton, destinado a la penitenciaría estatal de Fox River para investigar por qué Michael Scofield (el protagonista de la serie), un hombre sin antecedentes penales, se ha convertido en ladrón de bancos. 42u5d

La historia se desarrolla al mismo tiempo que la primera temporada de la serie en la que Paxton conocerá a varios personajes de la serie y vivirá momentos clave desde su propia perspectiva.