El juego tiene lugar en Matsue, lugar donde nuestro protagonista llega en búsqueda de Fumino Aya, una vieja amiga del instituto que lleva quince años desaparecida. 314n58

Este comienza a interrogar a todos sus compañeros de clase después de descubrir que ella le había escrito una carta pero esta nunca fue enviada.

'Root Letter' nos ofrece finales múltiples que dependerán de nuestras decisiones a lo largo de la partida.